美国癌症基因组图谱计划完成

一项在美国对10，000个肿瘤进行基因描述的巨大计划已经正式结束。作为2006年启动的一个1亿美元的试点项目，癌症基因组地图(TCGA)现在是国际癌症基因组联盟的最大组成部分，该联盟由来自16个国家的科学家组成，已经发现了近1000万个与癌症相关的基因突变。

现在的问题是下一步该做什么。一些研究者希望继续关注测序。其他人希望扩大他们的工作，探索已确定的基因突变如何影响癌症的形成和发展。

纽约冷泉港实验室主任布鲁斯·斯蒂尔曼说:“TCGA的建成是一个胜利。”他说:“对于特定的癌症，总会发现新的突变。问题是:成本效益比是多少？”

斯蒂尔曼是该项目的早期倡导者，尽管一些研究人员担心该项目会导致个人研究资金的损失。该项目最初计划了3年，最终扩展为一个持续5年以上的项目。

2009年，TCGA从美国国家卫生研究院(NIH)获得了1亿美元，从一个激励基金获得了1.75亿美元，试图在全球衰退中刺激美国经济。

这个项目一开始并不顺利。当时，测序技术只能应用于快速冷冻的新鲜组织。然而，大多数临床活检是固定在石蜡中，由病理学家染色。位于马里兰州贝塞斯达的国家癌症研究所(NCI)癌症基因组办公室主任路易斯·斯陶特指出，寻找和支付新鲜组织样本的费用成为该项目的最大支出。

另一个问题是数据的复杂性。尽管一些突变可能导致癌症的发展，但大多数突变形成了一个令人眼花缭乱的基因异常大杂烩，肿瘤之间的共性更少。针对特定突变的药物检测通常很快就会导致另一个问题:癌症通常会迅速产生耐药性，这通常是通过激活不同的基因来绕过治疗所阻断的细胞过程来实现的。

马里兰州巴尔的摩市约翰·霍普金斯大学的癌症遗传学家伯特·沃格斯坦指出，尽管存在这些困难，癌症研究的几乎所有方面都受益于TCGA。

研究人员提出了一种利用相关数据对肿瘤进行分类的新方法，并发现了以前未被认识的药物靶点和致癌物。然而，一些研究者认为测序结果仍然可以提供更多的信息。去年1月，对21种癌症基因突变数据的统计分析显示，研究人员仍然可以从测序结果中发现临床上有用的突变。

去年12月2日，斯陶特宣布，一旦TCGA建成，NCI将集中精力对三种癌症进行测序——卵巢癌、结肠直肠癌和肺癌。然后，该机构将评估这项额外工作的结果，以决定是否将更多癌症加入测序大军。

然而，这一次，相关研究将能够整合详细的临床信息，例如患者的健康状况、治疗史和对治疗的反应。这是因为研究人员现在能够使用石蜡包埋的样本。他们可以从过去的临床试验中挖掘数据，研究基因突变如何影响患者的预后和他们对治疗的反应。

斯陶特说，NCI将发起一项倡议，呼吁在临床试验中使用TCGA建立的方法和分析手段收集测序样本。

加拿大多伦多癌症研究所主任汤姆·哈德森说，国际癌症基因组联盟的其他工作可能会采取类似的策略，第二轮计划将于今年2月公布。