华南海鲜市场不是病毒发源地！中科院团队基因追踪“零号病人”再进一步

华南海产品市场上新发现的冠状病毒来自其他地方，这一结论有基于基因序列的证据。

中国科学院西双版纳热带植物园的研究人员在分析了93个新冠状病毒样本的基因组数据后，发现在基于120个突变位点获得的58个单倍型(基因类型)中，来自华南海产品市场的患者的单倍型与H1相关，而H3、H13和H38是较老的基因类型，来自华南海产品市场之外。这证实了华南海鲜市场不是病毒发源地的推断。

(图|新冠状病毒(A，B)中58个单倍型的进化关系和地理分布模式，单倍型之间可能的进化关系(C)，以及新冠状病毒可能的传播和扩散途径(D)；圆圈A和B中的数据为样本数(资料来源:于)

这项研究证实了1月24日发表在《柳叶刀》上的先前研究的结论，即追踪前41例确诊病例，发现在早在12月1日报告的病例中，共有13例病例与海鲜市场没有接触。换句话说，在进入海鲜市场之前，病毒已经渗透到武汉居民的生活中。

本研究由中国科学院西双版纳热带植物园于与华南农业大学和北京脑中心的研究人员共同完成，并于2月19日在中国科学院科技论文预发布平台上发布。

作者认为，确定海产品市场是否是病毒的发源地，对于发现病毒的来源、确定中间宿主、控制疫情和避免再次爆发至关重要。

全基因组数据分析的可追溯性

图|跨越8个编码区的120个核苷酸突变分析(来源:于)

于向DeepTech解释说，这是一种基于群体遗传学的分析方法。一个基因型不等于一个病人，一个新的冠状病毒单倍型可能携带不止一个人，甚至数百人。例如，H1单倍型对应19个样本，但它可以追溯到这一点，因为某个单倍型患者意味着它可能是从同一来源感染的。

研究人员收集了93个新冠状病毒样本的基因组数据(截至2月12日)，这些样本由世界不同领域共享到GISAID EpiFluTM数据库，涵盖四大洲的12个国家。其中，39个样本来自11个国家的感染患者，编码31个单倍型。来自中国的54个样本也编码31个单倍型。

通过对全基因组数据的分析，追踪感染源和扩散途径，他们发现收到的93个样本包括58个单倍型，在58个单倍型中，H13和H38是相对“古老”的单倍型，并且都通过H3单倍型衍生出H1单倍型。

值得注意的是，与华南海产品市场相关的患者样本的单体型是H1及其衍生单体型，而来自武汉样本的更“古老”的单体型H3与华南海产品市场无关。根据第一批患者报告的信息和种群扩张时间的分析结果，作者推测华南海产品市场的新型冠状病毒是从外地传入并迅速向市场外传播的。

作者还推测单体型H13和H38通过中间载体与蝙蝠冠状病毒鼠13相关，并且该中间载体mv1可能是祖先单体型，或者可能来自中间宿主或“零患者”。

“古老”单体型H13和H38的病毒样本分别来自深圳(广东首例)和华盛顿州(美国首例)的患者。他们的旅行记录显示，他们都是从2019年12月底到2020年1月初来到武汉的。

为什么有两种“古代”单体型？于向DeepTech解释说，事实上H13和H38，以及，它们之间只有一个核苷酸的区别。在它们被衍生到H3之后，它们可能经历了转化逆转突变并被衍生到另一个基因型。而且两者都是同义突变，也就是说，突变不影响基因表达的结果。这意味着两个“古代”单体型非常接近。

在现有的武汉样品中未检测到H13和H38单倍型。作者推测，这可能是因为现有样本主要是从几家指定医院采集的，采样时间限制在2019年12月24日和2020年1月5日。那么，如果这两种单倍型能在武汉其他医院的早期患者中检测到，将会对寻找病毒的来源非常有帮助。

对于单倍型H3，其武汉样本发现于2020年1月，但这并不意味着其基因型更年轻。余文彬解释说，这可能是因为病毒在传播给携带者时没有发生变异，或者很早就传播给了患者，但没有发病。

跟踪“零号病人”

图|新型冠状病毒单倍型的取样时间。红色圆圈中的样品被确认与华南海鲜市场有关。蓝圈样品被确认与海鲜市场无关(来源:于)

华中农业大学的一位匿名教授评论说，这是一项基于新型冠状病毒现有基因组序列的研究。理论上，根据它的变异，它可以追溯样本之间的关系，无论是父子关系还是兄妹关系，以及它被复制了多少代。然后我们终于可以追踪最早的新冠状病毒的起源。当然，这里有一个假设，病毒从动物传播到人。

在华南海产品市场外发现单倍型H3也意味着H3携带者已经感染了去华南海产品市场的人，将拥挤的华南海产品市场变成了病毒传播的爆发点。

他认为可追溯性非常重要，这项研究基于大数据分析，意义重大。核心调查是最初几个感染了新冠状病毒的人，这特别需要医院的合作。然而，医院现在可能没有心思和精力去做这件事，医生也可能没有进化基因组学的背景，所以他们可能没有意识到这件事的价值。

他说，至于最原始的携带者，也就是“零号病人”，可能是接触过蝙蝠的人。理论上，它仍然可以追溯到。即使零号病人已经去世，他仍然应该把他的血样保存在某家医院。

于文彬认为，最原始的单倍型不太可能存在于目前的患者，因为病毒变异太快。他们现在能得到的最早数据是12月24日，因为没有早期样本很难追溯。“我们怀疑国内医院可能没有保存早期患者的组织材料，当然我们非常希望早期样本能够存在。”

余说，本研究存在一个不足，即在93个样本中，武汉样本主要是早期样本。如果更多的武汉样本被测序，在可追溯性方面可能会发现更多的证据，例如发现H13和H38单倍型，这可能有助于发现病毒的来源。

好消息。

于表示，本次研究的主要目的是分析新冠状病毒全基因组的变异情况，找出新冠状病毒的传播模式，为在传播扩散分析的基础上寻找病毒来源提供遗传学依据。

研究人员发现，在新型冠状病毒的基因组中没有重组事件，93个基因组中的120个核苷酸(0.41%序列长度)发生了突变，并均匀分布在10个编码区。120个突变核苷酸与119个氨基酸密码子相关，其中79个密码子(65.83%)改变了氨基酸类型，42个密码子(53.17%)改变了氨基酸的理化性质。

新冠状病毒基因组尚未重组的结论是好消息，也就是说，不会产生新的和全新的病毒株。

这项研究的另一个结论是，新的冠状病毒在2月12日之前有两次明显的群体扩张。

根据新型冠状病毒基因组重组时间的计算，1月前的种群扩张发生在12月8日，因此病毒可能在12月初甚至11月下旬开始在人与人之间传播，进而加速了华南海产品市场的人与人之间的传播。

这项研究估计二月前的人口膨胀时间是1月6日，这可能与新年假期有关。应该指出的是，国家疾病控制和预防中心在此时发布了二级应急响应。

研究小组认为，早期预警在当时起到了警示作用，公共活动和旅行减少了。如果当时的警告能够吸引更多的公众关注，那么在1月中下旬蔓延到全国乃至全世界的病例数量将会减少。