首个园艺类作物全基因变异数据库发布

最近，中国农业科学院柑橘研究所建立了完整的柑橘基因组变异数据库，这是世界上第一个园艺作物基因组变异数据库。

柑橘是世界上最重要的经济水果作物之一。目前，已经出现了大量的柑橘品种基因组重排数据，这些数据可用于评价种质的亲缘关系和开发分子标记，为柑橘分子育种和全基因组选择辅助育种服务。为了促进这些数据的访问、利用和共享，国家柑橘品种改良中心的研究员陈善春开发了一个基于网络的数据库——柑橘基因组变异数据库。

据报道，这是第一个专门针对柑橘的数据库，专门用于全基因组变异数据和分析，包括单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失(INDEL)。CitGVD V1.0包含1493258964个高质量基因组变异位点和来自内部测序项目和公共资源的346份种质的84个表型数据。

CitGVD集成了基因组突变位点注释、相关基因注释和种质的详细信息，并集成了各种用于数据访问和深入分析的内置工具。这些功能使CitGVD成为柑橘相关研究的综合门户网站和生物信息学平台，也为其他作物全基因组变异数据平台的构建提供了范例。

相关论文信息:https://doi.org/10.1038/s41438-019-0234-3