捉“毒”,大数据显威力!
现实世界总是比我们想象的更出人意料。
研究表明,新型冠状病毒中的零号患者与华南市场没有直接关系。所以,不知道他是通过什么渠道感染的病毒。0号病人体内的病毒是直接来自野生动物或它们的排泄物,还是藏在茫茫人海中的另一个被病毒感染的人?
目前还不知道。
确定病原体的重要性
既然这种病毒已经为人所知,为什么科学家还要坚持寻找它的来源呢?在接受《中国科学》采访时,香港大学公共卫生学院教授朱华晨表示,只有确定传染源,才能从源头上切断传播链,从根本上避免病原体的重新引入和爆发。
然而,确定病原体的来源需要一系列系统的工作。首先,根据流行病学的相关性,找到患者可能接触和暴露的部位,收集各种可能与病原体有关的标本,看是否能检测到类似的病原体。
如果发现阳性病原体,有必要继续向上追踪其来源,包括来源地、在运输过程中可能接触和暴露的地方。然后对所有病原体进行测序,并根据序列的纵向进化和横向亲缘关系推断病原体在不同宿主中传播的因果关系。
这种新的冠状病毒已经被确认为人际传播。朱华晨认为这也有可能,但没有证据。然而,传染源仍然不清楚,这甚至更不可能。然而,朱华辰说,如果真的有可能从人类传播动物,那么仅仅隔离人类的措施是否能完全控制疫情,还有待讨论。
基于基因组大数据的防控策略
尽管对新型冠状病毒病原体的研究仍在继续,但借助第二代测序技术研究病毒本身并不困难。
一般来说,对于疑似患者的样本,例如肺灌洗液,当前的技术可以读出各种可能的病原微生物的基因组DNA序列,并将它们汇编成目录。临床医生和技术人员可以直接阅读这些“最底层”的信息,比较没有传染性疾病的患者的样本信息,并快速发现能够感染人类的新病毒。
据了解,单个冠状病毒的基因组约为26kb至32kb (1kb = 1024个字符)。对于当前的测序技术来说,该长度并不特别困难,并且检测成本在可控范围内。
然而,关键在于样品的安全性和样品间交叉污染的控制。然而,为了消除污染,有必要根据质量控制和生产规模建立高通量检测实验室,这需要相当长的时间。
此外,在采访中,专家们还表示,随着疑似患者的样本继续送出,检测机构应该能够在有效时间内提取出DNA并完成测序,然后将其与已知的新冠状病毒基因组数据进行比较,以确定患者是否感染了新冠状病毒。
然而,用于诊断的测序具有高成本和技术要求。目前,新的冠状病毒主要是通过聚合酶链反应来诊断的。
然而,科学家可以从病毒基因组的大样本数据中找到最具传染性的菌株,然后迅速了解传染性力量的形成并产生最有效的预防和控制策略。
然而,目前的困境是,对于如此大样本病毒基因组数据库的存在没有答案。
用数据跟踪“可疑人群”
目前,全国大多数城市都采取了严格的措施来遏制新型冠状病毒的传播,这种病毒可能是通过用户数据收集的。
对此,上海大数据联盟副秘书长马会民告诉《中国科学》,“在特殊情况下使用极端手段,只要收集的个人位置数据仅用于防疫和控制。目前,除了三大运营商,微信和支付宝都有基于用户位置的服务数据。通过整合感染者的各种LBS数据,可以恢复病毒的传播轨迹。然而,收集、获取、分析和处理这些LBS数据将需要额外的资金,这些资金将随着受感染人口的增加而增加。有人建议*应该进行财政支出。”
“在移动互联网时代,大数据将在准确的疫情防控中发挥重要作用。每个人在哪里,他们去了哪里,他们和谁有联系,都可以通过他们手机的位置记录下来。”马会民建议,此时的关键在于有效锁定疫区人口,及时掌握疫区人口的流动情况和到达其他城市后的具体人口分布情况。
那么数据是从哪里来的呢?马会民表示,首先,可以通过调整手机信号数据和去年12月以来华南海鲜市场的各种交易信息,结合大数据平台跟踪这些人群的流向,恢复重点人群的分布和流程图,从而对疫情发展形成整体判断。第二,我们可以采用点对点的方法,即使用小程序来控制确诊病例和疑似病例。这些人被要求及时注册并填写小程序中的信息。通过大数据平台,恢复这些人在注册日前14天内的活动轨迹,找到其中的密集场所,形成高危场所数据库,统一向公众发布,方便公众自查。"
之后,结合在医疗机构获得的病毒基因组数据,可以追踪潜在的传染性强的患者。
数据构建新的信任机制与疫情
此外,马会民认为,也可以尝试用区块链记录每个病例。这相当于为病人和每个疑似病例建立一个链,那么他在过去几周出现的位置的所有信息都可以在这个链上。块链不能被篡改,并且可以追溯到。"
事实上,区块链不仅可以应用于防疫,还可以在更大范围内发挥作用。
“例如,使用的各种医疗物质的去向以及是谁推迟了疫情的早期阶段。”马会民说,一种新的数据技术可以让我们每个人从中获得新的信任。
这样,信任机制的建立就不依赖于个人或机构的承诺,而是一个新的数据平台。
“现实世界总是比我们想象的更出人意料,所以人类必须对自然保持谦逊的态度。”马会民说,应该在预防、跟踪、治疗、跟踪、管理、后勤、信息发布和问题解决等方面建立大数据平台,把混乱的数据和嗡嗡作响的机器变成关爱每一个人的机器,最终尽快打赢这场“流行病”的战争。
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