昆明植物所解析极小种群野生植物漾濞槭全基因组

科普小知识2023-09-23 19:19:51

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记者从中国科学院昆明植物研究所了解到，该研究所的野生植物极小种群综合保护小组已经完成了羊壁槭全基因组的测序和组装，获得了接近染色体水平的高质量全基因组。这也是目前首次报道槭树科植物的全基因组。相关的研究结果发表在《千兆科学》上。

组装的杨碧槭基因组大小为666Mb，重叠群N50为5.48Mb，支架N50为44.92Mb。重复序列占68.0%，28，320个蛋白质编码基因被从头算或同源基因注释。95.5%的组件完整性评估是通过BUSCO分析获得的。

“与葡萄全基因组的共线性分析表明，在核心双子叶植物共有的古老基因组六倍化之后，杨碧宏没有经历过全基因组的任何重复。此外，与葡萄染色体相比，在4号、6号和8号染色体上未检测到染色体间的插入或重排，这表明大量祖先染色体成分保留在杨碧宏的染色体中。”昆明植物研究所研究员马永鹏说。

马永鹏说，由于羊壁槭全基因组信息的高质量和染色体进化的特点，它可以替代葡萄，成为无患子染色体进化分析最重要的参考基因组。

近年来，随着全基因组测序成本的降低，通过揭示物种种群历史动态、长期适应性进化和短期特别是短期快速环境适应的特征，有可能从全基因组水平深入分析野生植物在极小种群中的濒危机制。

据了解，羊壁槭是云南省20种重点抢救和保护的野生植物之一，其种群数量非常少。它属于槭树科槭树属，在制糖、木材和观赏方面具有重要的经济价值。极小种群野生植物综合保护小组对羊壁槭进行了十多年的研究工作。目前，已经确定了杨碧槭的野生种群数量、传粉生物学和种子传播特性，以及物种的遗传相似性和种群结构。目前，该团队已经人工繁殖了成千上万株杨碧槭幼苗，用于随后的种群回归和复壮。