茄子基因组研究迈入高清时代

10月31日，由广西农业科学院蔬菜研究所研究员王一魁带领的一个研究小组在生物论文预印服务器BioRxiv上在线发布了染色体水平的高质量茄子基因组序列。该团队采用PacBio测序技术，结合燕尾Hi-C数据库构建技术和HiRise组装算法，获得了目前连续性最好的茄科作物基因组，标志着茄子基因组研究进入了高清晰度时代。

茄子是茄科最重要的作物之一，产量和经济价值在茄属植物中排名第三。这次公布的茄子参考基因组，重叠群N50达到5.3兆字节，支架N50甚至达到93.9兆字节，总序列长度为1155.8兆字节

“此前，日本和意大利团队分别公布了主要通过第二代测序技术获得的茄子参考基因组。这一次，我们采用了最新的三代测序技术和高通量技术，在组装质量和连续性方面远远优于国外研究团队的基因组版本。”“以意大利团队最近公布的茄子基因组为例，其Contig N50为16.7Kb，而我们的基因组版本Contig N50为5.3Mb，连续性增加了300倍，”该论文通讯的作者兼项目负责人王益奎说。

通过比较基因组学分析，发现茄子的646个种特异性基因家族和364个正向选择基因赋予茄子独特的性状。研究小组对抗病基因进行了全基因组鉴定，发现茄子和辣椒中有一个扩大的细菌斑点抗性基因家族，而番茄和马铃薯中没有。此外，研究小组发现茄子、番茄和马铃薯基因组中多酚氧化酶基因的染色体分布模式非常相似。高质量的茄子参考基因组序列不仅有利于茄科植物的进化研究，也为茄科植物的育种和改良提供了便利。

本研究得到了国家自然科学基金项目、广西重大科技项目和国家现代农业产业技术体系广西大宗蔬菜创新团队项目的支持。

相关论文信息:https://doi.org/10.1101/824540