《自然》杂志教你如何用软件管理参考文献

使用数字参考管理工具，隐藏知识和发现知识之间只有一个关键词搜索距离。

照片来源:双胞胎项目

亚当·洛克没有想到管理他的数字参考图书馆的软件会提出更好的方法来进行研究。然而，他的电子文档系统ReadCube定期扫描图书馆并推荐一些相关的论文。这与一些强调推荐曲目的音乐文件管理程序非常相似。洛克说，这一功能带来了一些意想不到的收益。

洛克是一名研究生，目前在加拿大渥太华大学学习医学。他研究了斑马鱼的细菌感染。当时，ReadCube推荐了一篇关于用微流体诱捕斑马鱼的论文。这比他自己的方法简单得多，但是洛克通常不阅读微流体领域的文献。他说，有人提醒他，这项研究“真的很有帮助”，尽管最终他没有采用这种替代方法，因为他对自己的项目寄予了太多希望。

正如Rocker所发现的，今天的文档管理工具已经超越了简单的电子存档。如今，每种工具都通过提供一系列不断发展的附加功能来吸引客户，就像瑞士军刀一样。

最近，《自然》杂志聚焦于八个工具:科尔维兹、尾注、1000工作空间、门捷利、论文、阅读立方体、参考文献和佐特罗。他们都参与了文学管理市场的竞争。其中一些工具在简化浏览过程和建立文献库方面表现良好，而其他工具则专注于创建文献目录、通过使用共享工作空间来协助合作或推荐论文。

“驯服”文件

每个工具的存在都是为了帮助研究人员“驯服”下载的各种零散的PDF。大多数科学家都会涉及这个问题:当他们从期刊网站上检索到PDF时，通常会将无法解释的字母数字代码指定为文件名，并将其大量转储到任何方便的文件夹中，当文件的多个副本散布在硬盘上时，混乱会很快出现。

“在科学界，或者至少从我的经验来看，我们经常以桌面上的一个文件夹告终，里面装满了3000个非常奇怪的有名字的PDF文档。”西班牙巴塞罗那Bellvitge生物医学研究所的神经学家Ral Delgado-Morales说。

文件管理工具通过索引硬盘来解决这个问题。通常，拖动一个文件格式文件并将其放入应用程序窗口的过程会触发软件尝试用数字对象标识符(DOI)或标题识别它，并从在线服务器检索相关的元数据，如标题、关键字或作者姓名。

研究人员还可以分配软件来监控存储文档的特定文件夹。后来，他们可以通过简单地搜索作者的名字、关键词或者在某些情况下搜索他们自己的注释来找到PDF。例如，德尔加多-莫拉莱斯用论文来组织他的文档库来解决这个问题。论文是一个根据用户选择的任何方案自动重命名文档的应用程序。除参考名称外，其他工具也提供类似的功能。RefME是一个网站和手机应用程序，它只存储一个参考列表，而不是PDF本身。

核心功能

大多数工具可以帮助研究人员从各种在线资源中输入文档。许多公司提供浏览器插件，可以在应用程序中搜索外部数据库，如PubMed和谷歌学术，还可以从期刊网站和其他网页中检索文档数据。

弗吉尼亚州乔治梅森大学的Zotero项目主任肖恩·塔卡茨说，Zotero成立于10年前，是一个免费的开源软件项目，专门用于解决从网络浏览器中提取信息的问题。“这是Zotero的一个关键功能，也是与其他文档管理工具相比最强大的功能之一。”RefME使用智能手机的摄像头扫描条形码，提供不同寻常的参考选项。

参考资料管理软件最著名的功能之一是在研究论文中插入参考资料，并以任何形式创建参考书目。EndNote是一个广泛使用的商业软件包，几十年来一直提供这一功能，但它目前正面临许多现代工具的竞争。

许多工具可以与通用的文字处理软件交互，因此输入研究文章的用户可以通过选择他们想要提及的论文并单击按钮将代码插入文档来标记文本中的参考文献。随后，用户可以根据成千上万种期刊的风格从下拉列表中选择选项来创建书目和文本内参考。

大多数工具包括一个内置的阅读和注释文章的PDF阅读器——通常允许用户搜索评论和注释，以及基于云的在iPad和台式电脑之间同步这些评论和PDF的能力。例如，在ReadCube中，PDF中的引用和作者姓名可以显示为活动超链接，提供对引用的文章和发布的目录的直接访问。在合作出版商的网站上查看和注释PDF时，也可以使用相同的功能。

其中许多工具可以识别与库中特定项目相关的文章，或者基于库的整体内容推荐文章。与ReadCube类似，F 1000工作区使用一种算法来完成此功能。它还将利用大约1，000名专家提出的建议。然而，许多独立软件产品也可以推荐论文。

共享库

目前，许多工具允许研究人员建立小组图书馆或与远程合作者共享重要论文，尽管这一过程被精心管理以防止侵犯出版商的版权。例如，门捷利公共小组的成员只能分享一篇论文的信息，这相当于图书馆目录的入口。只有私人群组中的用户才能共享和修改PDF，并且群组必须升级到付费帐户才能添加3人以上。

明尼苏达大学组织心理学博士Brenton Wiernik利用Zotero的共享图书馆完成了一个合作项目，涉及该领域文献的系统综述和元分析。他说，这种工作可能涉及15-20人:有些人下载文章到共享图书馆；其他人阅读它们；当然，更多的人负责添加评论和标签以及记录关键数据。

据维尔尼克称，这一过程类似于使用共享云存储文件夹，其额外的好处是Zotero可以跟踪和保存元数据、注释和评论。例如，研究人员可以使用特殊的标记来表示他们正在写一篇文章，从而告诉合作伙伴他们应该写不同的文章，以避免重复工作。

F1000Workspace和colwiz都可以将共享功能扩展到准备草稿和管理项目。F1000Workspace的产品开发经理Joao Peres说，有了这个工具，研究人员可以使用插件将微软的Word草稿上传到一个安全的位置，允许团队成员对共享副本进行评论，尽管文本不能在浏览器中编辑。佩雷斯计划实现一个“一键”的文章提交功能，将论文直接从F 1000工作区发送给期刊编辑，从F 1000研究期刊开始。Colwiz还允许用户将文件共享到在线驱动器，供团队成员查看和评论。

考虑到这些工具的功能高度重叠，用户的选择通常归因于特定的个人偏好。例如，加州桑迪亚国家实验室的材料科学家理查德·卡内斯基支持佐特罗，因为开源的精神。

也许使用文档管理工具的最好理由是，这种技术可以提供一种形式的可搜索内存。礼来公司的高级研究科学家博伊德·斯提尔说，想象一张桌子上摆满了打印好的论文。如今，用PDF格式填充的电子文件夹在许多方面也不容易操作。然而，使用数字参考管理工具，隐藏知识和发现知识之间只有一个关键词搜索距离。(宗华)

中国科学新闻(2015-126第三版国际版)

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