中国微生物组数据平台发表 整合重要项目数据

10月26日，“核酸研究”在线发布了由中国科学院微生物研究所和世界微生物学数据中心的马团队撰写的“全球基因组学研究:支持存档的全球元基因组学平台目录”。微生物学数据研究论文的标准与分析。GcMeta平台是一个管理、分析和发布微生物基因组和微生物群数据的平台。它为国内外用户提供从数据存储、数据分析到数据发布的一站式服务。目前，它已整合了中国科学院微生物群计划和国内外许多重要项目的数据。该平台的发布将有效支持中国的微生物学研究，并为未来中国国家微生物学计划的实施提供重要支持。

近年来，美国和欧盟相继启动了与微生物相关的研究项目。然而，微生物大数据的收集、存储、功能挖掘和开发利用一直是制约微生物发展的核心问题。目前，我国微生物数据管理存在标准不统一、缺乏跨领域数据集成、高质量参考数据库和深度数据挖掘技术等问题。2017年，中国科学院启动“中国微生物工程”项目，旨在进一步强化中国科学院在微生物研究、开发和利用方面的共性技术和平台优势，聚焦“人类健康与环境”微生物学，开发相应的微生物学新方法和新技术。通过对其结构与功能、群体间的竞争与合作、微生物与宿主和环境(如人体)的相互作用以及与宿主寄生共生的健康发展的研究，找到了微生物与人体和环境共同进化的科学规律。同时，在微生物数据标准化的基础上，建立一个计算、存储和共享微生物大数据的平台，开发一种新的微生物大数据挖掘方法，实现我国微生物数据资源的系统管理和高效利用。

GcMeta为微生物基因组、元基因组和转录组管理、在线数据分析、可视化和数据发布建立了一站式系统。目前，来自国际相关平台(NCBI、EBI、RAST等)的样本数据超过12万份。)和重要项目(HMP、塔拉等。)和来自中国科学家的2000多个样本数据已被整合，总数据量超过120兆字节。该平台为用户提供了一个多层次的数据管理和权限控制系统，可用于每个研究组管理未发布的数据并在研究组内共享。它还可以在线发布和公布内部管理数据。该平台基于永久标识符(http://www.pidconsortium.eu/)系统为学术期刊公开发表的所有公共数据以及随后的数据引用和分析提供一个唯一的PID编号。此外，该平台还集成了90多个在线数据分析工具，并提供了4套扩增子序列和全基因组序列的分析工作流程。所有分析工具和工作流程都以网络模式使用，便于微生物领域的用户快速掌握和使用。用户可以通过该平台轻松实现数据管理、数据分析、结果显示和数据发布等一系列服务。该平台还将为用户提供整个流程的支持。欢迎国内外用户使用该平台。

论文的合著者史文玉和齐河源，以及论文的合著者马和吴林环分别是微生物资源与大数据中心和世界微生物数据中心。本研究得到了中国科学院重点部署项目“人类与环境健康微生物群共性技术研究”、国家重点研发计划“基于肠道微生物的益生菌健康功能和食品营养代谢机制研究”、中国科学院“地球大数据”试点项目和中国科学院信息微生物学专业云项目的支持。

相关论文信息:https://doi.org/10.1093/nar/gky1008

图1:用户数据管理、数据分析和数据发布流程

图2: gcmeta数据管理系统和主页

图3: gcmeta数据分析和可视化系统