建设工程施工合同纠纷案民事判决书
深圳市**土石方工程有限公司,深圳市**股份合作公司与***建设工程施工合同纠纷二审民事判决书(二审维持原判或者改判)
深圳市中级人民法院
民事判决书(文中人物均为化名)
(2012)深中法房终字第2229号
上诉人(原审原告、反诉被告)：深圳市**土石方工程有限公司。组织机构代码：79542136-9。
法定代表人：案外人一，总经理。
委托代理人：王长春，广东国欣律师事务所律师。
委托代理人：王小兰，广东国欣律师事务所律师。
上诉人(原审被告、反诉原告)：深圳市**股份合作公司。组织机构代码：76917528-0。
法定代表人：***。
委托代理人：易建国，广东晟典律师事务所律师。
委托代理人：戴伟敏，广东晟典律师事务所律师。
被上诉人(原审被告)：***，男，汉族，1968年3月18日出生。
上诉人深圳市**土石方工程有限公司(以下简称**公司)、上诉人深圳市**股份合作公司(以下简称**公司)因与被上诉人***土地租赁合同纠纷一案，不服深圳市宝安区人民法院(2011)深宝法民三初字第343号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭审理了本案，现已审理终结。
原审法院经审理查明：2009年9月1日，**公司与**公司签订一份《填土合作协议》，约定**公司向**公司承租涉案土地作为倒土回填场地，面积约为76000平方米，倒土回填容量约为710000立方米，作为填土场地租给**公司作为倒土回填使用。双方约定，合同期以回填倒满为准，**公司支付180万元作为回报给**公司，并为**公司修筑一条挡土石墙，规格约为(长230米，高10米，下底宽3.5米，上底宽1.5米)，以便挡土之用。**公司同意将回填场地的管理权限交由**公司管理，并负责场地的一切事宜。**公司提供水电及现有工棚给**公司使用，并负责拉土车辆进入村道及土场道路畅通无阻，以及涉外的一切可能影响到**公司正常经营的事宜(村民及*执法部门等)，均有**公司负责处理，并保证**公司能正常回填倒土。双方约定付款方式：**公司签订本合同时，**公司即向**公司支付合同约定金50万元;倒土合同签订后二个月，第二次付款30万元给**公司;倒土合同签订后四个月，第三次付款30万元给**公司;余款在回填容量达90%时，**公司一次性付清。在倒土回填过程中如果遇到*部门及村民阻挠，使倒土回填无法正常进行，双方就按倒土数量的方数，以每立方3.5元计算金额，根据**公司所已付的金额，多除少补，另外，**公司不能擅自以任何借口中途终止合同，否则**公司赔偿**公司的一切损失。合同列明了**公司的收款账户，账户名为***。**公司与**公司均在合同上加盖公章，***作为**公司的法定代表人也在合同上签字。
有关挡土墙的施工时间，**公司认为是2009年9月1日开工，2010年8月底停工;**公司则认为是2009年10月11日开工，停工时间为起诉时。
有关回填土的时间，**公司主张在2010年10月就退出涉案地块;**公司则主张**公司在2010年12月份还在向该地块填土，但**公司认为合同终止日期为2010年9月1日。
有关**公司付款情况，**公司、***对**公司提交的收据(总额度为150万元)均予以确认;双方主要争议的是2010年9月2日深圳农村商业银行客户回单记载的20万元，该回单收款人为***，收款账号为《填土合作协议》列明的账号，**公司、***认为没有收到该款，即便该笔款项存在，也是挡土墙工程的保证金。
2010年3月2日，**公司法定代表人案外人一出具一份《承诺书》称：“本人案外人一在本月2010年3月20号前预付30万元正，在2010年4月20号前付挡土墙保证金30万元正，如果违此协定，作自动退出。双方所签合同作废，保证金没收。挡土墙的完工时间为2010年9月1日。”
2010年3月22日，**公司法定代表人案外人一再次出具一份《承诺书》称：兹有在观澜庙溪填土砌石墙完工时间，甲方保证乙方顺利填土的情况下，承诺将土方及石墙填好做好，时间一年内。在这期间内水土流失造成一切损失由本人负责。以上为填土范围内和合同一致(于2010年9月1日到期)。
**公司提交的一份复印文件显示，**公司于2010年10月18日向案外人二出具一份《委托书》，称：因前期合约者经营业务不善，经营造成本公司无法完成上级部门下达任务指示，本应半年完成的挡土墙至今无法完成，造成本公司名誉受损及无法完成和街道办的承诺。现在委托案外人二协助处理挡土墙和填土等事项。**公司另提交的录音资料表明，**公司与***曾就涉案纠纷进行过协商，针对**公司提问“填土场你让别人做怎么不跟我说”，***回答称“我为什么要跟你说?你的合同都已经过期了”;针对**公司提问“我不知道你们是哪个案外人二，现在是案外人二在做填土场”，***回应称“我跟你讲，那里也不是给他们经营，那个委托书是这么写的，是我委托他们处理挡土墙的主要问题”“我叫他是委托他做好挡土墙问题和填土问题，委托他处理这些问题”。
2009年8月24日-8月25日，**公司委托A公司对涉案地块进行现场测量，该公司就此出具《**村弃土场场地测量及土方量计算技术报告(2009年8月)》，测定当时土方量为709136立方米。2010年10月7日-10月9日，**公司再次委托A公司对涉案地块进行现场测量，该公司出具《**村弃土场场地测量及土方量计算技术报告(2010年10月)》，测定当时土方量为488762.8立方米。
2011年4月28日，原审法院组织双方当事人到现场进行勘察，确定以下几点事实：1、原来由**公司所填土方现已被覆盖，目前由D汽车集团填土施工;2、挡土墙已完工一部分，还有一部分没完工，具体工程量需另行测算;3、目前占地使用的是D汽车集团，土地权属为国有;4、最大可倒土范围边缘离挡土墙十米左右。
为查清事实，经**公司申请，原审法院依法委托B公司对涉案挡土墙工程已完工工程总造价进行鉴定，该公司出具《鉴定意见书》认为：(一)按**公司认可的施工时间计算的涉案挡土墙工程已完工工程总造价为776290.19元;经平均推荐下浮率(12.85%)下浮的工程总造价为676536.90元。(二)按被告认可的施工时间计算的涉案挡土墙工程已完工工程总造价为812655.25元;经平均推荐下浮率(12.85%)下浮的工程总造价为7XX9.05元。此结论中挡土墙0.000处的宽度根据**公司提供的施工图并结合现场情况按宽度3米计算。**公司对上述《鉴定意见书》提出异议后，B公司亦给出了书面答复。
另查，某社区工作站书面证明称，涉案地块因存在水土流失等安全隐患，经街道同意，涉及回填土及挡土墙费用由**公司自行处理。
**公司在原审诉讼时请求：1、**公司、***立即停止和制止向涉案土地上继续填充土方的行为;2、**公司、***返还土方款925669.8元;3、**公司、***赔偿**公司经济损失190万元;4、由**公司、***承担本案诉讼费用。
**公司在原审反诉时请求：1、**公司立即向**公司支付承租余款30万元及利息9450元(按中国人民银行同期贷款利率每日万分之二点一，从合同期满2010年8月31日起暂计至2011年3月1日，以后另计，直至实际付清之日);2、本案所有诉讼费用由**公司承担。
原审法院认为：**公司与**公司签订的《填土合作协议》，名为“填土合作”，但所涉及的主要法律关系却是将涉案土地出租给**公司用于堆放土方，应为土地租赁合同。此出租行为未经行政主管部门批准，已经违反了土地管理法规的禁止性规定，应属无效。按照无效合同的处理原则，因该合同所取得的财产应予以返还或折价补偿。
就**公司而言，其已经在涉案土地上堆放了土方，理应参照《填土合作协议》所约定的3.5元/立方米单价向**公司支付土方款。有关**公司填土截止时间，**公司主张是在2010年10月退出涉案地块，**公司则主张**公司在2010年12月份还在向该地块填土，虽然双方都没有直接证据予以佐证，但**公司提供的录音资料、《委托书》等证据以及原审法院现场勘查记录确实可以印证，**公司在2010年10月份已经将回填土等事项另委托他人处理，因此，原审法院更倾向于认可**公司的主张。**公司于2010年10月份自行委托A公司对涉案地块土方进行现场测量，并就此出具《**村弃土场场地测量及土方量计算技术报告(2010年10月)》，测定当时土方量为488762.8立方米。此测量虽然没有经得**公司的认可和参与，但鉴于双方在当时已经发生纠纷，且另有他人在进行土方回填，不断覆盖**公司回填土方现场，**公司委托有测绘资质的无利害关系第三人进行现场保全，并无不妥，其测绘结论也无不合理之处，原审法院对此予以采信。据此测绘结论，结合双方确定的回填总容量710000立方米，计算出**公司实际回填土方为221237.2立方米(710000立方米-488762.8立方米)，**公司应向**公司支付的土方款为774330.2元(221237.2立方米3.5元/立方米)。在合同履行过程中，**公司已向**公司支付了部分土方款，其中双方无争议的土方款有150万元，双方另有一笔20万元的争议款项，系**公司于2010年9月2日向***账户汇款，该款有银行客户回单为凭，收款账号系《填土合作协议》列明的账号，应认定已经支付给**公司，因此可以确认**公司总共向**公司支付土方款170万元，扣除应付款774330.2元，**公司还需返还**公司925669.8元;相应的，**公司要求**公司支付剩余土方款的主张缺乏依据，原审法院不予支持。
就**公司而言，**公司为其修建了一段挡土石墙，理应向**公司作出补偿。针对挡土石墙工程总造价鉴定结论中挡土墙底部宽度，结论参照**公司提供的施工图并结合现场测算所采宽度数据为3米，**公司提出异议认为实际宽度应为3.5米。原审法院认为，因挡土墙底部宽度的核实需要进行现场挖掘，考虑到安全和成本，以深挖基础的方式来测量底部宽度并不现实，而**公司自己提供的施工图纸已有相关数据，故原审法院认为《鉴定意见书》所引用底部宽度数据(3米)并无不合理之处，应予以采纳。由于**公司、**公司、***就施工时间存在分歧，鉴定结论中，根据不同施工时间套用信息价得出两个造价，一个为776290.19元，一个为812655.25元。原审法院认为，**公司、**公司、***均未能举证证明具体施工时间，根据证据规则，**公司作为履行义务方，理应承担举证不能的法律后果，因此，原审法院采纳方法一中工程造价较低的结论，即776290.19元;因双方在合同中并无约定下浮，而进行下浮亦非法律强制规定，因此，原审法院不再将工程造价进行下浮。至于**公司提出的“干砌”、“水泥砂浆砌”、挡土墙长度、底部宽度、梁柱等问题，评估机构主要依据现场勘查情况、**公司提供的施工图纸等进行评估，所得出结论并无不妥，**公司又缺乏足够证据推翻该结论，故对**公司提出的异议，不予采纳。基于上述分析，**公司修建挡土石墙工程造价为776290.19元，**公司应如数补偿给**公司。
**公司诉请***共同承担上述义务，但***系**公司法定代表人，并非《填土合作协议》的权利义务主体，**公司的该项请求缺乏依据，原审法院不予支持。**公司另诉请**公司立即停止向涉案土地上继续填充土方的行为，此行为非本案处理范围，本案不作处理。
综上所述，依照《*合同法》第五十二条第(五)项、第五十八条、《*民事诉讼法》第六十四条第一款的规定，判决：一、**公司与**公司签订的《填土合作协议》无效;二、**公司应向**公司返还土方款925669.8元;三、**公司应向**公司支付补偿款776290.19元;四、驳回**公司其他诉讼请求;五、驳回**公司的反诉请求。以上第二、三判项，义务人应于本判决发生法律效力之日起五日内履行完毕。如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务的，应按照《*民事诉讼法》第二百二十九条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本案一审本诉受理费29405元，由**公司承担5000元，**公司负担24405元;反诉受理费5941.75元，评估鉴定费28500元，均由**公司承担。本诉受理费、评估鉴定费**公司已预交，反诉受理费**公司已预交。
上诉人**公司与上诉人**公司均不服原审判决向本院提起上诉。
上诉人**公司上诉请求：1、撤销原审判决第一、二、三项，并发回重审或依法改判;2、判令所有案件受理费由**公司承担。
上诉依据的事实和理由为：一、原审判决**公司与**公司签订的《填土合作协议》无效没有法律依据。
本案所涉《填土合作协议》是依据观澜街道办的指示整合各方资源而签订的。2009年1月6日，因桂花**村C工业区水土流失严重，观澜街道办责令**村负责处理，经费由**村解决，并有领导批示。批示包含两层意义：1、将水土流失严重的桂花**村C工业区的土地，委托**公司进行管理，将凹陷地段进行填埋;2、填埋及建立挡土墙的经费由**公司解决。**公司得到批复后，与**公司合作共同整治涉案土地，本案所涉合作项目并不是单纯的填土合同，而是公益性的合作，该合作结果受益于观澜C工业区的民众。原审法院以该合作协议没有经行政主管部门批准，违反了土地管理法规的禁止性规定而认定无效，是错误的。本案涉案土地，观澜街道办已经委托**公司进行管理，并就此事进行了批复。**公司作为农村转城镇后的街道办下属机构，负有对本辖区的土地管理的行政职责，在土地没有完全收回国有之前，土地所有权及管理权仍属于**公司。况且在原审中，**公司已经表示本案涉案土地并没完全收回国有，再则，即使已经收回国有，**公司也得到了有关部门批准的管理权。故原审法院认定《填土合作协议》无效没有法律依据。
二、原审法院根据**公司提供且单方制作的《**村弃土场场地测量及土方量计算技术报告》来确定**公司的填土量，不但违反法定程序，也有失公平。
原审判决确定《填土合作协议》无效后，凭借**公司单方提供的测量报告就认定本案所涉的回填土量为488762.8立方米，显然错误。何况该证据并没有经**公司质证确认。再则，测量报告中显示的填土量为488762.8立方米，无需减去710000立方米。原审法院既已认定合同无效，那么**公司理应支付使用费，又既然认定**公司已经回填了488762.8立方米，就应该向**公司支付488762.8立方米的使用费，假设以原审法院认为的3.5元/立方米计算，也应向**公司支付1710669.8元的使用费。实际上，**公司用涉案的回填土项目向第三人(实际填土方)收费，每车按市场价收取150元～180元，每车20立方，如果依前面提到的488762.8立方数，共24438.14车，每车以150元计，**公司已经获利3665721元。我方也委托有关单位对该地块的填土进行了测量，所测量的结果为填土方量为905721.75立方米。
三、**公司收取**公司支付的款项仅为150万元。
原审法院认定的20万元有争议，**公司并没有收取。**公司收取**公司的每一笔款项均向**公司开具有**公司盖章的收据，20万元汇款并不存在。
四、**公司无需支付**公司修建挡土墙的费用。
**公司认为，双方所签的《填土合作协议》因得到*部门批准而为有效合同。况且**公司作为土地管理者，也有权就公益事项委托他人完成。**公司经营回填土项目已获取巨额利益，为此，建筑挡土墙也是有利于公益。更何况该公益事项又是**公司自愿付出，即使合同无效，**公司也不可能为此支付补偿。
五、原审法院的判决有失公平。
在原审程序中，**公司向法院提交了一份由某社区工作站出具的《证明》以及一份由观澜街道水利工程管理站出具的《关于B工业区水土流失影响**部分厂区环境的情况报告》、《观澜街道党工委、办事处办公室文件处理表》、《关于桂花**水土流失整治工程费用的请示》、《关于桂花社区工作站B工业园区水土流失现场图片》，原审法院均无视以上证据，也未向相关部门核实情况，而仅依据**公司提供的证据材料判定此案，违反了公平原则。
针对**公司的上诉，**公司答辩称：一、原审判决适用法律正确，查明事实清楚，证据充分。1、涉案土地性质属国家用地;2、涉案土地对外出租没有经过允许，违反了相关的规定;3、**公司利用社会公益之名牟取利益，使**公司蒙受经济损失。在涉案合作协议履行过程中，**公司单方中止，之后的土方工程是交给非专业的土方公司做，挡土墙是根据施工图标准做，**公司单方委托第三方介入，不但不利于社会公益还造成了更大的隐患。
二、关于**公司提到的测量报告。**公司的测量报告是依法采取证据保全的措施，委托的是专业的测量机构，根据当时的数量、土方情况进行测量，**公司对测量报告有异议，但至今为止对该报告没有提出证据反驳。**公司认为测量报告依法有据，不是单方委托。实际上**公司也可以委托，当时**公司不配合**公司进行测量。
三、**公司提到回填土方的数据，显然是混淆不清的。**公司提到认定**公司回填了488762.8立方米，这个488762.8是剩余的立方数，事实上回填土方是221237.2立方米，原审法院也是依据这个数据按照3.5元来计算的。
四、原审法院已经查明20万元进入双方合同约定的账户，不能因为没有开具收据而予以否认。
五、**公司认为原审判决返还款项、赔偿损失是公平的判决。**公司除付款外建挡土墙已耗费巨资，**公司不是涉案土地的受益者也没有在当中获得利益，当时纠纷的产生也是因**公司觉得**公司可能获得利益而单方提前中止，**公司这一行为损害了**公司的利益。
六、根据双方合同的约定，挡土墙是造成了**公司的经济损失的补偿。填充土方数根据3.5元计算，造成的损失应当另外赔偿，不属于重复的补偿。
七、**公司补充上诉事实理由第二、三点没有事实和法律依据，其用信访的形式是影响法律的公正判决。
综上，**公司认为原审判决认定事实清楚，证据充分，对于原审判决赔偿损失，**公司认为数额过低。由于鉴定机构鉴定的非全面性、客观性导致鉴定结论金额为77万元，不符合**公司的实际支出费用，对**公司显失公平。
上诉人**公司上诉请求：1、改判原审判决第三项，即应按实际损失支付**公司补偿款190万元;2、判令***对**公司返还及支付款项的义务承担连带责任;3、由**公司承担本案全部费用。
一、**公司对原审判决所审理查明的主要涉案事实无异议，但原审判决**公司补偿**公司修挡土墙的补偿款776290.19元欠客观、公平、公正。
1、鉴定机构及鉴定报告本身存在多处争议。(1)挡土墙底部宽度既未按实际施工3.5米宽度计算，也未按**公司确认的3.2米宽度计算，鉴定数据与实际施工数据相差甚远。(2)计算挡土墙单价依据错误。依据干砌毛石单价，而未按实际及施工图约定的水泥砂浆毛石砌单价，这两种单价相差一倍，造成少算**公司37.14万元损失。(3)基础部分鉴定计算的长度、宽度、高度数据与客观数据相差761.032立方米，导致鉴定金额比实际施工成本少20.5万元。
2、鉴定报告遗漏两处未鉴定。(1)涉案工程做有三个梁柱，该工程造价达12.1万元，鉴定机构经**公司提出异议后也未作实地复核。(2)涉案基础工程不同于一般土方基础，因涉案挡土墙工地本身地处淤泥地，根据施工图施工要求必须要进行边坡支护即用钢槽打桩、木板护壁，这涉及钢槽用量2640米长结合挖机、人工总费用近30万元。因此，鉴定机构遗漏两处鉴定导致**公司损失42.1万元。
关于上述1、2中提到的费用，尽管原审法院考虑到上述鉴定或核实存在复杂及现实不可操作性，但应在穷尽其它可能实际复核或测量的方法后，适当参照市场工程价款。
3、**公司为**公司修挡土墙实际花费材料、人工等各项成本合计190万元，而鉴定机构由于鉴定的欠客观性导致鉴定金额不及**公司所花费工程款的40%。原审法院不应仅以鉴定报告为补偿款的唯一认定依据。
二、原审判决认定***为履行公司职务行为而判决其非权利义务主体，不需承担清偿或返还连带责任。**公司认为原审判决没有结合相关证据及本案实际情况予以分析。**公司所有汇款都汇入***的个人账户，足以反映该账户款项与公司共用，无区分个人及公用，足以证明***未将其个人财产与公司财产严格区分，***应当在其收款金额的范围内承担返还及补偿的责任。
针对**公司的上诉，**公司答辩称，对方的上诉理由不能成立。根据双方签订的协议，挡土墙与填土是并行不可分割的。在双方的协议中，不论是涉及解除还是无效，依据合同法的规定都不影响到清算条款的效力，按照清算条款来说如果合同无法满足合同约定填满的条件，应当按照多退少补。出现多退少补是因为考虑填不满，挡土墙会有一定的成本。**公司在填土的时候可以获得收益，原审确认合同无效又另行给**公司挡土墙费用是错误的。如果另行给付也不应按照3.5元计算，应按照市场价格进行计算，**公司应按市场价格给**公司进行补偿，**公司再根据挡土墙的费用对其进行补偿。
被上诉人***答辩称，2004年C汽车征地，山坡、水土都没有修复，导致下面的厂房都有损失，后经致电街道办，街道办要求水务局建挡土墙，**公司根据街道办的文件找到**公司，让**公司签订涉案合同，约定的工程期限是一年。**公司将填土完成，但挡土墙没有弄好，现在挡土墙被水冲坏，**公司的工程是豆腐渣工程，山坡也不符合标准。后来**公司找测量公司测量，也没有经**公司同意，属于单方委托测量。
本院二审另查明，经向深圳市规划和国土资源委员会龙华管理局去函询问本案争议地块的土地使用权权属状况，该局复函称：XXX号宗地总面积为996091.49平方米，2009年9月1日该宗土地有995994.51平方米为国有土地。该宗地办理征转情况具体如下：
(一)有995994.51平方米位于深国房宝补(2004)第064号协议范围内，该协议中，甲方：某*，乙方：E公司、F公司、G公司、H公司、I公司、J公司、K公司、深圳市**股份合作公司、L公司，丙方：某街道办事处。补偿关系已理清，属统征地。(二)有96.98平方米位于深规土宝补(2010)第62号协议范围内，该协议中，甲方：深圳市规划和国土资源委员会宝安管理局;乙方：E公司，丙方：某街道办事处。该协议因长安标致一期用地需要签订，补偿关系已理清，属已补偿国有土地。综上，XXX号宗地全部为已完善补偿手续的国有土地。在深国房宝补(2004)第64号补偿协议书中，某*、深圳市**股份合作公司等9个公司、某街道办事处就土地补偿达成协议。
深圳市人民*(2006)43号文件《关于深圳市宝安龙岗两区城市化转为国有土地交接与管理实施方案》规定：宝安、龙岗两区城市化转为国有的土地，按照“国土统一储备、部门依法监管、属地委托管理”的原则，由国土部门实行统一储备管理;国土部门对城市化转为国有的土地，在规划已确定功能的条件下，可按现行*和管理权限，划定管理范围后，分类委托或移交给市农林渔业、水务、城管、市土地储备机构等部门和区*相关部门管理。委托或移交区*相关部门管理的各类土地，由区*明确区农林渔业、水务、城管或辖区街道办管理。
另查明，**公司因涉案土地水土流失严重向宝安区水务局和观澜街道办事处请示，后者批示由**公司负责水土流失整治工程并自行解决经费，在涉案协议履行过程中，**公司按照水务管理部门的要求提供了挡土墙工程承包方的施工相关文件。
原审查明的其他事实基本属实，本院予以确认。
本院认为，本案为土地租赁合同纠纷。根据当事人的上诉和答辩意见，本案二审争议的焦点在于涉案合同是否无效及**公司应否退还**公司土方款及赔偿挡土墙损失。
涉案土地系因城市建设需要，由*依据相关文件征转为国有土地，签订补偿协议，并根据《深圳市宝安龙岗两区城市化转为国有土地交接与管理实施方案》及《宝安区城市化转为国有土地暂行管理办法及实施细则》的有关文件规定，由街道办事处及水务部门进行日常管理和行业监督。**公司在征得管理部门同意后，与**公司签署协议约定一方提供填土场地，另一方支付费用并修建挡土墙，协议的内容是当事人的真实意思表示，并无违反法律法规的强制性规定，合法有效，原审以未经批准为由确认无效属认定错误，本院予以纠正。**公司的上诉理由部分成立，本院予以采信。
关于土方款的问题，根据《填土合作协议》的约定，合同期以回填倒满为准。**公司退出场地时现场的填土并未倒满，而协议约定倒填土无法正常进行时，按实际土方量计算金额，多退少补，因双方已经终止履行，原审法院据此判令**公司返还已经收取的部分款项并无不妥，本院予以维持。
关于补偿挡土墙损失的问题，双方签署协议时对挡土墙的修建时间没有明确，在合同履行过程中，**公司的法人先后出具承诺书，承诺挡土墙的完工时间为2010年9月1日，该行为属于当事人对合同内容约定不明确作出的协议补充，在承诺的期限届满时未能建好挡土墙，**公司行为构成违约，况且双方也未有应对挡土墙进行补偿的约定，原审法院以合同无效为由判令**公司赔付挡土墙的建设费用没有法律依据，本院对此予以纠正。**公司关于该问题的上诉请求亦不能成立，本院不予支持。
综上，**公司的上诉理由部分成立，其上诉请求本院予以部分支持;**公司的上诉理由不成立，应予驳回。依据《*合同法》第四十四条、第六十条第一款、第六十一条、第九十四条第(四)款、第九十八条，《*民事诉讼法》第一百七十条第一款第(二)项之规定，判决如下：
一、维持深圳市宝安区人民法院(2011)深宝法民三初字第343号民事判决第二、五项;
二、撤销深圳市宝安区人民法院(2011)深宝法民三初字第343号民事判决第一、三、四项;
三、深圳市**土石方工程有限公司与深圳市**股份合作公司签订的《填土合作协议》有效;
四、驳回深圳市**土石方工程有限公司原审的其他诉讼请求;
五、驳回深圳市**股份合作公司的其他上诉请求。
本案一审本诉受理费29405元，由深圳市**土石方工程有限公司负担20000元，深圳市**股份合作公司负担9405元;评估鉴定费28500元，由深圳市**土石方工程有限公司负担。一审反诉受理费5941.75元，由深圳市**股份合作公司负担。本案二审受理费应当收取29405元，由深圳市**土石方工程有限公司负担13320元，深圳市**股份合作公司负担16085元，多收取的5627元，由本院分别退还深圳市**土石方工程有限公司1594元和深圳市**股份合作公司4033元。
本判决为终审判决。
审判长 俞红
审判员 龚萍
代理审判员 唐毅
二〇一二年十二月十六日
书记员 刘尹琳(兼)
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